第6届神户马拉松比赛于2016年11月20日（日）举行。比赛的出发点设在神户市政府，沿线不仅有神户的美丽街景、还可以欣赏到明石海峡大桥等沿海风景，终点设在人工岛，全长42.195公里。此次比赛共有19570名选手参加，沿途总计有60万市民为参赛者呐喊助威。最后，来自肯尼亚的Morris Mwangi以2小时22分31秒的成绩获得男子组冠军，女子组冠军同样由来自肯尼亚的选手Jacqueline Kiplimo获得，成绩为2小时40分07秒。

在马拉松开赛之前，“神户马拉松EXPO2016”于18、19两日在位于人工岛的神户国际展示会场举行了展览。各家赞助商及主办团体邀请奥运会奖牌获得者表演脱口秀、举办了马拉松衍生产品销售等丰富多彩的活动。在美食展区，神户牛肉以及神户和兵库县的地方特产悉数登场。围绕马拉松比赛开展的各种活动使得参赛者和市民均能参与其中，充分享受到了神户马拉松的欢乐气氛。